申請サイトはhttps://www.tokyo-kyugyo.com/です。
記入したものを写真やスキャンして画像にすれば電子申請もできます。

ご丁寧に申請書はエクセル・口座振替はワードになっていたので、
PDFにしてファイルを下記よりダウンロードできるようにしました。

私がやってみた内容を書いてみましたので、ご参考になればと思います。
東京都感染拡大防止協力金【申請受付要項】ダウンロード
（１）
協力金申請書（１枚目と２枚目）ダウンロード
協力金申請書（３枚目）営業所が２カ所以上ある場合ダウンロード
協力金申請書の記入例ダウンロード
（２）
誓約書（これは自筆しないといけません）ダウンロード
（３）
口座振替依頼書（郵送の場合は捺印も）ダウンロード

他に、
（４）直近の確定申告書のコピー（税務署の受付印が押してあるもの、または、電子申告の場合は受信通知を印刷して出しましょう）
　　　＊開業まもない場合は開業届または法人設立法人設立届出書

（５）確定申告書と店名が一致しないなど、店舗と会社や代表者名との関係がわかりにくい場合は「店舗の外観や店内の画像」と「店舗別の月末締めの売上の帳簿」のコピーを提出します。（私は3月と4月の日別売上を月毎にまとめて、店舗画像とともに添付）

（６）保健所の営業許可書のコピー

（７）休業を告知したHPやポスターを印刷したもの（店名・住所のほか、休業期間または短縮営業の場合は営業時間も書きましょう）